L'intervention des forces d'auto-défense n'y aura rien fait : les magical girls, plus puissantes que jamais, terrassent sans complexe tous ceux qui se dressent sur leur route. Alors, à quoi bon résister, si la bataille est perdue d'avance ? Rintarô, animé par la force de son désespoir, aux côtés de Kii et de sa candeur, pourra-t-il sauver celle qu'il aime ? Rien n'est moins sûr, car toutes les pièces de l'échiquier sont désormais en place pour le « projet » arrive à terme. Mais quel terme ? Et surtout, qui tire véritablement les ficelles ? Le monde pourra-t-il survivre à la dernière attaque des magical girls ?

Attention : fin de la première partie de la saison 1 !